洪秀全的太平军失败后，1865年清廷镇压太平军的川湘军先后转调镇压贵州农民起义，重点进攻白号军。继云南布政使刘狱昭于1865年5月10日领湘军由合川入黔，直接由桐梓进犯正安州。1865年5月，李世贤率部与清政府援军在福建展开多次交战，并大败清军。面对清军对漳州的围攻，李世贤主动撤退往永定，但因缺少援助而战败；李世贤在清军的追击下与部队失散，其部众率军往广东。李世贤剃发隐匿于深山中昼伏夜行，8月19日其脱险抵达广东镇平，与康王汪海洋会合，受到了太平军的欢迎。1865年8月23日，汪海洋因违命没有救援漳州、杀害李世贤亲信李元茂等，害怕被李世贤治罪，故趁李世贤熟睡时将其杀死于镇平。同治四年（1865 年）5 月，捻军数万再次进入山东，驰抵菏泽西北的高楼寨（今高庄集）地区。僧格林沁被捻军引诱至山东曹州（今山东菏泽市）高楼寨，分兵三路进击，清军进入设伏地域，捻军伏兵突起，马、步并进，亦分三路向敌突击，僧格林沁被包围。僧格林沁于5月18 日率少数随从冒死突围，当逃至曹州西北的吴家店时，僧格林沁突围时受伤落马，藏在麦田里，被捻军张皮绠斩杀，终年五十五岁。1865年（同治四年）六月，在金积堡附近强家沙窝击败清军雷正绾、曹克忠后，马化龙向刘蓉、穆图善分别求抚，马化龙以汉团逼反为借口，选择投降接受清廷招抚，被授予提督衔，更名马朝清，以示效忠清朝。马化龙虽名义上投降了清廷，但地方政务，军事，朝廷均无法插手，仍自行其是，自行任命官员，阴养军队，接纳各地叛乱者，以金积堡为中心，继续发展势力、掌控宁夏。宁灵地区在暗流涌动中维持了四年抚局。
1865年3月，在太平军进攻成都之时，清军已侦知太平军在河南周口设炮台、船厂，生产舰船。时湘军外江水师提督黄翼升赴清江浦防捻匪，至则贼已败窜山东，进驻邳、宿之间。清廷就诏黄翼升带水师进攻河南周口，夺取或焚毁太平军周口船厂。湘军水师营制为每营立营官一人，长龙船八只、舢板船二十二只，合30船为1营，共532人。长龙船底长四丈一尺（13.6米），底中宽五尺二寸（1.8米），安装美、英、法等国生产的头炮2门，系1000斤重的前膛洋庄铁炮，龙船边炮为4门700斤洋庄炮，梢炮也是1门700斤重的洋庄铁炮。舢板船底长二丈九尺（9.6米），底中宽三尺二寸（1.06米），其中督战的舢板船尺寸加大，该船头炮为1门800斤洋庄铁炮，梢炮是1门600斤洋庄炮。外，舢板船两舷还各配备2门转珠小炮，约重40多斤。湘军水师各战船近战武器装备喷筒、鸟枪、腰刀、长矛等，随宜配用。长龙船中间装有窗楣，舢板船小露载无蓬板，停泊宿营时则用夹帐覆盖船体，开船时撤去。人员战时住在船上，不许登岸，此外另造长龙船载辎重，叫作公船。黄翼升奉诏带十营水师，大小战船300艘，长龙辎重船80艘，副将加总兵衔汤复春六营湘军3000人，直奔周口而来。公元1855年，黄河再次改道北流，截断大运河，自此100多年运河中断。年此黄河再次改道北流，截断大运河，造成黄河、长江通行困难，而湘军水师大量在长江活动，所以魏宣武建了周口船厂，造船厂总办为曾为徐寿、丁拱辰、华蘅芳助手的师从英国造船工程师弗劳德的留洋归国高材生韩维新，帮办为德国人约翰，生产船只装备长江水师。1863年2月周口造船厂已建成冲浪号浅水重炮铁甲舰，3月正在安装火炮，其余江鲸、顺水两舰也快完工了。1863年5月又在周口建成了水军铸炮厂，专门为水军铸炮。周口港炮台共七座，每座配一百二十磅大型宣武要塞炮一门，八十磅中型要塞炮一门，四十磅城防炮两门，每炮台守军为一垦，垦部编制与地方部队垦同，下辖炮兵什四个，步兵什二个，辎重什一个，伙夫什一个，步兵伍及探子伍各一个，步兵什和传令伍均配三代宣武步枪及枪刺，探子伍配短枪短刀。周口港港内有太平军长江水师，师帅为留洋归国于太平天国海军学堂毕业并在曾顺黄河水师任过船长、艇长、旅帅的龙怒涛，总教为龙怒涛的同学廖忠，副师帅为英国海军退役上校罗伯特，目前仅有安装小型蒸汽机、双桅、两门二十磅宣武头炮、一门十二磅宣武尾炮、四门转轮宣武边炮的木制机帆小型炮舰两艘，安装小型蒸汽机、单桅、一门二十磅宣武头炮、一门十二磅宣武尾炮、二门转轮宣武边炮的机帆小型炮舰三十艘，利用民船改的安装一门六磅宣武炮的桨帆船五十艘，装备喷火筒、火葫芦、火箭、挠钩、飞抓、三代宣武步枪的小渔船二百艘，同时有一个按野战军编制配备的水军陆战卒。1864年5月，太平军在周口镇南寨（河南）、北寨（河北）、西寨（河西）又各筑炮台一个，各安二十磅宣武要塞炮一门 、十二磅要塞炮一门，转轮宣武炮一门，各炮台配兵一垦。周口镇屯和各村屯垦火器什均配三代宣武步枪。周口镇专设港务署，署长乐天、署传教单福全权管理港内一切事务，有一个按野战部队编制配备的港区护卫营，归港务署指挥。
太平军水师力量尚弱，黄翼升水师一路畅通无阻，进至周口，前锋营官周学韩带长龙船八只、舢板船二十二只小心翼翼驶入了周口镇境内水面，却无任何阻挠，正疑惑间，一声炮响，一只舢板船倾刻间烟消云散，接着又是数发炮弹，江面水柱激起老高，太平军炮台开火了。周学韩令龙船、舢板炮火还击，却发现根本打不到太平军炮台，于是下令各船后退。黄翼升得报，大感意外，太平军火炮射程啥时候有这么远了，所幸未见太平军船只。自从田家镇一战，太平军水师全面崩溃，此后很少有舰船主动迎战湘军水师，基本都是躲在军港中依托炮台和陆军炮火抵抗，这个符合常规。于是，黄翼升让汤复春六营湘军3000人上岸从陆上攻占太平军各炮台，集中各营二百多只舢板船快速猛扑太平军各炮台，靠近了用火炮从水上攻击。汤复春督着步军攻打太平军炮台围墙，遭到太平军步枪射杀。太平军护卫营和水军陆战卒在署长乐天、署传教单福指挥下侧击汤复春，清军大败，向船上逃去。各舢板船群起攻之，在付出二十多艘的代价后多数靠近炮台，向炮台开火，这时，罗伯特指挥太平军长江水师在港口一字排开，大小炮一齐开火，炮声隆隆中，大量舢板船被击沉，黄翼升忙带八十艘长龙船来援，龙怒涛见长龙船出现，一声令下，二百艘小渔船在各炮台及各舰船炮火掩护下，飞快驶到长龙船队中，向船中乱扔火葫芦和火油瓶，又用钩、抓拉住大船，用喷火筒烧之，枪兵则用步枪射击船上清兵以作掩护。很快，爆炸声不绝于耳，十数艘长龙起火燃烧，又有十数艘中炮沉没。这边正在惶急，那边岸边又是烟焰熏天，原来太平军探子队换上清兵服装，混在败逃清兵中，来到辎重船泊处，趁乱放火烧船。黄翼升长叹一声，只得引剩下船舰逃走，太平军也不追赶。
黄翼升逃回，隔了两月，1865年6月，又带二十五营水师，十营陆师来犯。此时，太平军三艘浅水重炮铁甲舰已建造完毕列装长江水师。黄翼升的水师舰队尚未到周口境内，三艘铁甲舰对着黄翼升的舰船飞速驶来。黄翼升虽惊诧于太平军舰船的速度，却也并不放在心上，命令长龙、舢板间隔排开，舢板遮护长龙，辎重船在水师舰船后五里下帆抛锚停泊。太平军舰船靠近，黄翼升下令开炮，与此同时，太平军冲浪号铁甲舰打出了第一炮，击中长龙一艘，接着江鲸、顺水两舰相继开火，清军各舰开火，三舰后撤，有炮弹落在铁甲舰上，却不能击穿船体铁甲,三舰在清军舰炮射程外继续开火，十多艘长龙被爆炸弹击沉，还有些舢板起火。黄翼升令清军各舰只开足马力，追赶三舰发炮攻击，但是航速比不上，往往大量炮弹落在水中，只能不断激起水柱，但是铁甲舰的舰炮却能很容易地命中清军舰只，在损失大小舰只五十余艘后，终于到了周口炮台群的范围。黄翼升正追着，突感不祥，到周口了，忙命各舰后退，这时，炮台上各炮齐发，太平军长江水师其他各舰也出港迎战，清军猝不及防，舰船转动间互相碰撞，面对太平军犀利炮火躲避不及，损失大小舰只三百余艘。黄翼升带着剩余舰只逃跑，太平军舰只用蒸汽机做动力，速度快，数次追及清军舰只，炮火威力大射程远，很快又有二百来艘舰船被击沉。当追到辎重船处时，这些船还浑然不觉，发现不对想逃，已被太平军炮舰包围，汤复春督兵想夺太平军炮舰，被步枪弹击中前胸，当场毙命，其余清军皆降。黄翼升带着水师舰船且战且走，太平军三艘铁甲舰和十多艘单桅炮舰在后紧追不舍，逃到三河尖时，仅存七、八十艘战舰，洋人一艘舰船前来接应，龙怒涛见携带煤不多了，就指挥各舰退回周口港。
两次周口保卫战太平军以损失单桅炮舰七艘、渔船七十艘、战士三百多人的代价，击沉俘获清军外江水师舰船八百余艘，清军损失水军精锐一万余人，随往陆军两千人战死、五千人被俘，亡副将、参将、游击、都司、千总、把总、营官、哨官等各官九百多人，黄翼升自请处分，被免职留用，带残存水师舰船入运河调往山东防捻去了。自此，湘军外江水师元气大伤。