但这仅仅是个开始，位于昼半球的美洲大陆生物几乎在瞬间被全灭，可能还算是死的比较痛快的；而在背对太阳的地球的另一面，也就是夜半球的亚欧大陆上的人们，日子可能更不好过，照明工具、交通工具和通讯工具的瞬间失灵，使得黑夜中的人们陷入了无限的恐慌之中，各地爆发骚乱，等到他们终于迎来初升的太阳时，他们发现他们要面对的是一个令人恐惧的蝌蚪形状的大火球，失去了臭氧层的庇护，高能的宇宙射线和太阳辐射肆无忌惮的落到了人们的头上；体质较弱的很快死亡，体质比较强的也留下了无穷的后遗症，包括皮肤癌、白血病等疾病大面积爆发。同时，因为气温的升高，两极的冰山开始融化，海平面持续上升，原本位于低海拔地区一些大都市相继成为水乡泽国，人们被迫往内陆高海拔地区迁移，但是高海拔地区受到的辐射更强，死得更快！人类陷入了两难境地。
当然，人类绝不会坐以待毙，在这个时候，人类抛开了人种、国家和政见的芥蒂，团结到了一起，无数人自发的走上街头，顶着致命的辐射维修各种交通工具和通讯工具，人们在临时政府的安排下开始有计划的把各种重型机械运到深山老林里，开始挖掘山体，构建地下都市——这是目前人们能想到的最好的渡过这次大灾变的办法。终于，当一切尘埃落定，最后一名地球人走进地下城，关上厚重的隔离门时，已经过去了整整30年，地球人口总数也从大灾变之前的187亿锐减到了25亿——这一年，是公元4080年。同时，这一年也被称为“黑暗元年”。
为什么这一年会被称为“黑暗元年”呢？因为接下来的一千多年，便是被史学家称之为【黑暗千年】的时代，第一是因为人类移居地下后，从此不见阳光；第二是因为在阴冷黑暗的地下城，资源匮乏，民不聊生，人类内心的黑暗面被无限放大，人们为了争夺一点点可怜的食物便不惜大打出手甚至杀人越货。无能的临时政府根本掌控不了局势，一开始政府还尝试着打击犯罪，安抚民心，到后来根本不闻不问，甚至为了巩固自己的统治与黑社会相互勾结，政府官员大多抱着这种心态：反正都这样了，干脆今朝有酒今朝醉吧！抓紧时间享受，这才是王道啊。
转机发生在公元5332年，这一年又有多人被判处了流放，因为地下城寸土寸金，不可能造很多的监狱给犯人住，而死刑又早已被废止，所以当时的法律规定，犯了罪的人，只要不是罪大恶极的，先关进监狱反省一年，一年内表现良好的就能获释；如果表现不好，那每年的12月底，这些人就会连同那些“罪大恶极”的罪犯一起被判处流放——由实枪荷弹的军警把这些人全部押送到荒凉的地表上去，任由他们自生自灭。根据以往的经验，这是非常方便有效的“处理手段”。
但是这一次，政府失算了，这多人被流放到地表上以后，最终有3000多人在残酷的环境中存活了下来，并且在往后的多年内持续吸纳被流放的罪犯，在地表成立了一个新的政府！地下城的政府把这个新生势力视为眼中钉肉中刺，但又无可奈何：现在的地球表面充斥着高剂量的辐射，除了沙漠和高山雪线以上的范围内，其余的地方包括山脉和峡谷中布满了各种变异植物，而无数凶残可怕的变异生物就潜藏在这连绵不断的森林里……派部队上去硬刚？不可能的好吗。还是待在地下，享受人生吧！
与醉生梦死的地下城的人们相比，在地表的人们为了生存，是拼尽了全力。这些“罪大恶极”的人中，真正的坏人只是其中很少一部分，大多数人是因为反对政府的黑暗统治而被流放的义士。他们到了地表上以后，为了建立一个能提供基本保障的生存区披荆斩棘，无数人为此付出了生命的代价，一方面要抵御高温、严寒和辐射等自然灾害，另一方面还要抵御野外生物的骚扰。这一批被流放的5万多人，在损失了多人的情况下，他们才建立起了第一个小村落；在又损失了多人的情况下，他们才获得了周边那些生物的认可——地表的那些“原住民”在抛下数万具尸体后得出了这些“新来的”不好惹的结论，随后便尝试着与这些新邻居和平共处——这是自然选择的结果。每种生物在遇到竞争对手以后都会通过争斗来确认双方在食物链中的地位，如果确认对方也是属于食物链顶端的存在，便会合理的分享领地，而不会去选择把对方灭掉，自己独享领地——要是这种动不动就要灭族的情况存在的话，非洲大草原上将不可能有猎豹、鬣狗等多种多样的食肉动物，而是狮子一统天下了。再说了，地表上的生物在经历过大灾变以后，有一部分生物已经进化出了智慧，它们觉得可以与人类合作，所以作出了这种选择。也许你会觉得惊讶，人类用了五十万年才做到的事，怎么它们用了几千多年就做到了？原因就出在大灾变上。大灾变之后，原本居住在地球上的所有生物在高能粒子、x射线和γ射线的照射下，基因突变率翻了几十倍，这等于强行把生物的进化速度拨快了几十倍！高变异率带来了两个影响，一是后代的高死亡率，二是后代的高进化率。物竞天择、适者生存这一自然法则在这时得到了集中体现。所有生物，包括植物、动物甚至真菌等，要么在这轮大灾变后飞速进化，适应环境，得以生存下去，要么就无情的被自然淘汰。反观人类，在移居地下以后远离了危险的环境，没能进一步进化，所以在千年以后仍然不敢轻易踏上地表。而此时地表的某些生物——例如狼和老鼠等已经进化出了一定的智慧，在地面上构建起了村落的雏形。这些生物在发现有“新来的”和他们抢地盘以后，便指挥它们的手下发起了攻击。请注意，这些地表上的“原住民”发动的攻击并不是为了杀死这些新来的，也不是为了取得食物——毕竟在他们眼中，这些长得奇形怪状的生物也不一定好吃。而是为了确定这些外来者在食物链中的地位，如果这些新来的战斗力一般，在食物链中的地位不高，他们也不介意杀光他们，抢回自己的地盘；如果这些新来的战斗力足够强，和它们一样都是位于食物链最顶端的那一层，那他们会考虑与他们和平共处甚至合作，毕竟，在这种危机四伏的恶劣环境下，能多结交一个朋友总比多招惹一个敌人强——当然，被流放的新人类也是这么想的。
接下来的事情就顺理成章了，人类毕竟曾经辉煌过，拥有强大的底蕴，人类提供了技术支持和工具，帮助新崛起的异族中的狼人一族正式建立了城市和国家，而狼人一族充分发挥了他们强大的战斗力，横扫八荒。其实，当时地球上鼠人一族的势力更强大，但为什么人类会选择狼人作为他们的盟友呢？因为人类对老鼠有一种天生的厌恶感，所以对于生性猥琐的鼠人一族也充满了敌意。后来，在经历了一千多年的发展后，地表上的人类人口已经破亿，他们和狼人一族联合在了一起，逐步击败狼人族的主要竞争对手——鼠人族，建立起了大灾变以后的第一个国家，宣布统一了地球表面。呃，好吧，官宣什么的，都是说说而已。其实说“统一”地球表面似乎有点夸张了，应该这么说，新人类和狼人建立了城市和国家，把鼠人和其他异族赶进了山林里。毕竟从城市规模上来说，和人类当年的大都市相比，现在的城市实在是小得可怜，当时地球上最大的城市——夜阑城也只有200万人（狼）口。而且狼人族和人类联军控制的城市全部都集中在亚欧大陆上，美洲大陆对于他们来说，完全是一片未知。所有人狼联盟控制的地盘加起来，也仅仅占了地球陆地面积的10%而已，但是，这毕竟是大灾变以后人类在地面上建立起来的新城市啊！而且这是被流放者新建立起的国家啊！在经历了几十代人的努力后，他们终于重建起了国家，这该是多么让人兴奋的事情啊！
而地下城的人类在得知了这一消息以后，可就不那么开心了。在他们眼里，这些“叛徒”竟然在地表上活了下来，我可以接受，但是你们竟然伙同狼人一起成立了伪政府，这是绝对不能容忍的！秉承“敌人的敌人就是朋友”这一原则，他们与鼠人一族达成共识，迅速结成了盟友，开始向地表的新人类宣战。而后的一千多年便是历史书上被称之为《千年战争》的一段时期，从公元6543年一直打到了公元7890年，期间地上城和地下城互有胜负，但是谁也没有能力彻底击垮对方，但是这一切随着公元7878年知识密封准则被不明身份的外星人打破戛然而止。《宇宙大统一理论》和《魂能论》被传到地球上以后，地上城的新人类在占尽天时地利人和的情况下，以摧枯拉朽之势击溃了地下城的旧人类，把他们赶出了亚欧大陆，万般无奈之下的旧人类最后选择了战略性的撤退，以期卷土重来，他们来了一场“新·敦刻尔克大撤退”，足足有1亿多人再次从这个历史上曾经发生过一次大撤退的地方登船，逃离了亚欧大陆，只不过，这次他们的目标不是大不列颠岛，而是遥远的未知的美洲大陆。当然，新人类最后也没有选择赶尽杀绝，毕竟大家都是人类，而且这一亿多人中，绝大多数是平民，屠杀平民这种事情他们可做不出来。