“这指挥系统真是太棒了！”奇才踏上基洛夫指挥舰时不禁发出这样的感叹。这款先进的移动式指挥系统出自巨软集团之手，要知道当初为了保住它，汤姆可是费了九牛二虎之力，费尽口舌，在莫斯科和西雅图之间来回周转，同时做双方的工作，才避免了那些巨软高层被挂到路灯上去示众或者奔向未来科技的命运。实际上，这个移动指挥系统也是 13 号计划中的重要组成部分，与此相同的系统同样装备于闪电鹰号空天母舰之上。
然而此时此刻，奇才暂时还不能马上脱身离去。原因很简单，基洛夫指挥舰的航行速度并没有超越普通的基洛夫飞艇，再加上此地的厄普西隆军队已经封锁住了所有的退路，所以当前必须首先解决掉撤退道路上的敌方防空火力点。
“受死吧，你们这些尤里的走狗们！”就在奇才登上基洛夫指挥舰之后不久，雷泽诺夫成功地干掉了紧追不舍的病毒狙击手。
\"嗯......这只大象的行动轨迹如此诡异，难道它是尤里所制造的生物武器吗?\" 在目睹过精怪这种显然并非源自地球的生命体之后，奇才对于任何能够活动的生物体都心生警觉，而这只趁乱逃离动物园的大象自然也遭受了池鱼之殃。
\"这是什么?竟然是特区的详细地图!怎么会出现在这里边?\" 奇才似乎察觉到了一些非同小可的事物。
\"喔......\" 起初还觉得奇才击毙大象的举动过于偏激，但此刻却纷纷转为真心钦佩。
\"这必定是尤里事先藏匿在此处的情报。\" 奇才推测道。\"没错，肯定是尤里所为。\" 众人齐声应和。
阿特拉斯地下城中的情报中心内，自由军团情报局第一总局的局长埃莉诺正因那张被隐藏于大象体内的详尽地图泄露而恼火不已——他们反攻北美大陆的前期筹备工作就此功亏一篑。\"可恶的尤里，这事咱们绝对跟他们没完!\" 看起来他们认为这件事同样也是尤里捣鬼所致。
经过深思熟虑之后，奇才终于做出了一个大胆而明智的决策：将部队分成两路人马分头行动！其中一路由英勇无畏的双上校率领，直捣黄龙般冲向距离最近的厄普西隆生化反应炉。要知道，这个地方的心灵军团可不像其他地方那样拥有统一的电网系统——他们的电力供应是按照不同区域分别管理的。
与此同时，另一支分队肩负着一项更为重要的任务——营救那些同样身陷囹圄之中的盟军部队。厄普西隆在此处设立的临时监狱里不光囚禁着苏军战俘，还有一部分身体素质异常出色、成功抵御住首轮心灵控制攻击的盟军士兵也被关押于此。对于奇才来说，这些人无疑将会成为他扩充自身实力的宝贵资源。尽管就在不久之前，双方还处于敌对状态，但现在形势所迫，必须团结一切可以团结的力量共同对抗强敌。
随着狐步舞者如鬼魅般悄然出动并成功炸毁心灵军团的生化反应炉，双上校抓住机会趁虚而入，毫不留情地逐个击毙掉掉那些猝不及防的心灵军团士兵。紧接着，他们又以趁其不备摧毁了心灵军团的战车工厂。这一连串行云流水般的操作让人不禁拍案叫绝。一向言辞犀利的雷泽诺夫事后忍不住嘲讽起天蝎组织所制造出的装备实在太过简陋不堪。
随着生化反应炉的停运，这片区域原本严密的防空系统瞬间陷入瘫痪状态。失去约束后的空军基地里那些令人畏惧的猎狼犬直升机终于可以自由行动，并投入到救援被困盟军士兵的任务当中。
这条道路畅通无阻，猎狼犬武装直升机一路飞驰而行，成功地将被困的盟军士兵从牢笼中解救出来并带回己方营地。这些获救的盟军士兵对奇才感激涕零，表示愿意加入他的队伍，共同对抗厄普西隆邪恶势力，为死去的战友们复仇雪恨。
不久前发生的一幕更是让奇才喜出望外——部分不愿受心灵军团控制且拒绝加入该组织的反抗军成员被强行送进了回收站。这一举动不仅削弱了敌人的力量，更为奇才带来了意想不到的好处：它直接将众多摇摆的反抗军推到了奇才一方，壮大了自己的实力和声势。如今，这些志同道合、充满斗志的盟友们将与奇才并肩作战，共同向那可恶的心灵军团发起反击。
有了这股生力军加入的奇才终于可以向厄普西隆的基地发起反攻了，从原反抗军前哨站旁的树林里潜入，小心消灭掉拟态的精怪，雷泽诺夫从暗中打击掉看守的心灵专家，被困的苏军恢复了神志，立马反水对着前哨站内的发电厂开火，爱国者防空导弹停止了运作。
前方便是五角大楼原址，废墟上屹立着一座心灵信标，奇才接下来的目标便是摧毁它。
正面突破确实存在相当大的难度，于是奇才做出了一个大胆而明智的决策——涉水绕到敌人后方，并借此机会营救一批被困的苏军部队。这样不仅能够削弱敌军的防线，还可以顺手铲除撤离道路上的防空火力点。
\"他们曾经都是我们的同志啊，但如今......也罢，就让我们帮他们获得解脱吧。\" 带着复杂的心情，奇才率领着部队成功返回了原来的基地。然而此时此刻，这里已完全落入厄普西隆之手，局势十分紧迫。无奈之下，他只能果断下令让部队消灭那些曾经效忠于他的部下们。
当最后一处防空火力被清除干净之后，巨大的基洛夫指挥舰缓缓升起，开始向着远方飞去。与此同时，奇才的部队对心灵信标展开了猛烈的攻击。心灵军团将大部分精力都集中在了正面对抗之上，根本没有预料到会有来自背后的威胁如利剑般直插心灵信标的核心地带。
站在指挥舰的甲板上，奇才俯瞰着整座城市。短短时间内，这片土地便已经易主，这一切令他深感震惊。尤其是尤里的归来，更是给他带来了前所未有的震撼。
心灵信标被摧毁之后，现场陷入了一片死寂。然而，令人惊讶的是，情况并未发生任何改变，那些原本受到控制的人们依然处于迷茫和呆滞状态，丝毫没有恢复清醒的迹象。
这一现象让奇才不禁心生疑惑：难道这个心灵信标并非尤里留下的唯一控制手段？显然，事实很可能就是如此。毕竟作为一名强大的心灵掌控者，尤里绝不可能在这么重要的地方只依赖于一个的信标来操纵这么多人。
那么，可以推断出在这个地方必定还存在着其他的心灵信标，它们或许隐藏得更为深密、难以察觉，但却一直默默地发挥着作用，维系着对这些人的精神控制。
奇才的指挥舰逐渐靠近海岸，心灵军团试图发起最后一搏，双上校的部队在路口设卡，断绝了他们最后的念想，奇才成功逃离尤里的掌控。
在两位上校和其他同志们的营救下，将军同志安全地从被尤里控制的斯大林格勒特区撤离，并在苏维埃美利坚东海岸一带与接应的支援部队会合。在会合之后，将军同志从其他战友那里得知了更多可怕的情报：莫斯科已经被厄普西隆占领，罗曼诺夫总理已经牺牲。拉丁同盟在欧洲的总部以及位于非洲的行动基地也都被尽数摧毁。局势对于苏维埃联盟来说已是不容乐观，不过好在祖国没有彻底沦陷，其他各地的幸存者们都在奋勇抵抗，苏联还有反击的余地。