不仅仅是帝皇偶尔陷入恐怖的疯魔状态，雷霆战士本身面临巨大的问题，这些强大的旧战团暴露出和他们战力一样恐怖的毛病。寿命和失控。
帝皇只是停止对雷霆战士的补员，但后续战斗中陷入的精神错乱让他采取了更为积极的措施。根据阿里克·塔拉尼斯的说法，雷霆战士的毁灭之战是最后一役结束后进行的，由帝国唯一能击败雷霆战士的部队下手。而另一种说法认为雷霆战士在自身的劣化中发现了真相，从而将反叛的矛头对准帝皇。
但不论理由如何，传说一支由统领康斯坦丁·瓦尔多带领的禁军部队伙同数千名星际战士新兵在帝皇的防线上对雷霆战士进行了无情的淘汰。大多数雷霆战士都陷入疯魔状态，这时候帝皇突然使用强大的灵能力量将大部分失控的雷霆战士击晕，他们被放入帝皇制造的静置力场，深深埋入任何人都不知道的地下。
然而光是军事统一是不够的，人类还需要改善与修正，因此在战争胜利之前，帝皇和他的科学幕僚们便已经开始遗传学改良计划，这样做的首要目的是为了稳定人口，重建人类种群，就像被大规模杀伤性武器毁灭前的地球那样。
另一方面，这样做还是为了清理基因组，将人类回归到原初那样，银河系将属于人类，但人类仅限于获得帝皇眷顾那些的纯洁种群。在生物学复兴的同时，泰拉文明与行星政府也得以重建，皇帝建立了一个包罗万象的官僚机构去管理和复兴他的世界，并将那些古往今来的知识学识收入囊中。
泰拉的统一只不过是开始，在mK30中叶帝国完成对泰拉政府的重建工作后，帝皇前往火星面见了机械教，签署《火星条约》让泰拉与火星组成同盟，成为奠定人类帝国建立的真正基础。
纷争时代，旧世界的军阀也开始被帝皇打倒，罗兰和黑暗之王的战斗还在继续，只是两人那恐怖的无尽的战斗，把作为主人格的帝皇已经带入了濒死地步，现在的帝皇还不是后世那个拥有无尽信仰之力的人类之主，他的信仰皆送给了罗兰，让他有机会和黑暗之王战斗，否则依靠中古世界的信仰，罗兰远不是黑暗之王的对手。
微妙的平衡持续了许多时间，千年为单位的时间过去，战锤世界的基因原体被制造出来。
基因原体们，在基因意义上，是人类帝皇的二十位“子嗣”，亦是星际战士军团基因意义上的“父亲”。帝皇利用自己的dNA创造了这些理论上各机能远超普通人的超人：相较于普通人，他们体型大得多，身体强壮、坚韧得多，速度快得多并且更加聪明。与此同时，他们还有超凡的个人魅力，足以胜任统帅帝国部队作战这一本职工作。原体们性格迥异，各具特长，在帝皇剑指银河的大远征中发挥着各种独特的作用。
基因原体们是在泰拉的一座受严密保护的地下实验室中被创造出来的。根据“飞升者”英格瑟尔的说法，帝皇借助禁忌科学和关于亚空间的神秘学识创造了众基因原体。
灵族领袖乌索兰也认为帝皇在创造原体时利用了亚空间的黑暗能量。据推测，众原体体内充满了亚空间的能量，帝皇通过莫洛星的亚空间传送门获取了制造他们所需的亚空间知识。
制造基因原体时，强大的永生者尔达（帝皇的伴侣）也贡献出了她的基因物质，并视众原体为她的“儿子”。佩图拉博后来估计，他应该出生于第30个千年的792年，差不多可以作为原体诞生具体时间的证据。
“我已经快要不能支撑这具身体了，未来如此多的片段一直出现在我脑海里，我是帝皇，更是人类的指引者，人类是我挚爱的孩子，这些原体也是如此。”一个人站在喜马拉雅山麓的帝皇半跪在地上，此刻他已经不是那位可以指引人类命运的帝皇，他就像是苟延残喘的病人一样。
巨大的亚空间风暴袭来，混沌四神制造了一场剧烈的亚空间风暴，在原体长大成人之前将他们从帝皇手中尽数卷走，据推测他们也设法在某种程度上污染了尚为婴儿的原体们。
唯有帝皇，此刻他睁开眼睛，强大的信仰之力加持下，罗兰已经彻底战胜黑暗之王，再也不会有他，而且伴随着黑暗之王的消失，帝皇也是如此，他如此拟人的神格诞生，就是为了吞噬人类，黑暗之王为了这个目的。
“我是帝皇，也是罗兰。”罗兰感受到千年为单位的时光流逝，原体们还是被混沌之风带到很远的地方，他知道这些原体被带到什么地方，此刻没有荷鲁斯之乱，帝皇也不需要坐在那黄金王座之上，甚至星矩都不需要被点燃，罗兰抽出自己的手臂，混沌之风在他手中凝聚。
巨大的裂痕在原体子嗣被带走的实验室里出现，直到巨大的裂痕出现，罗兰一步步走进去，这里藏着他存放在里面的疯魔雷霆战士。
原着里，这些雷霆战士死在了自己人枪下，因为战争和极为不稳定的基因原体让他们陷入了敌我不分的状态，比后世圣吉列斯之血的后代还要离谱，黑怒状态下更夸张，因为雷霆战士的力量比圣吉列斯子嗣更加强大。力量强大意味着杀伤友军更加夸张。
罗兰一步步走进去，这些禁滞力场里的雷霆战士比起后来的阿斯塔特修士强壮得多，不稳定的基因中，不少雷霆战士的身躯都变得扭曲，这种基因力量有一部分来自于亚空间，是的雷霆战士有些恐怖的扭曲，但这不是恶魔化。
罗兰的混沌之风凝聚起来，他的力量不断进入静滞力场当中，“混沌之风修复你们的伤口，而我的阴阳宁和之道会补充你们人性的一面，有多少能做出混沌狂暴的状态就看你们自己的，如果你们变形成为了异形，死亡也就是你们最后的归宿。”